Esta linha visa a descrição, nomenclatura, classificação, diversidade, entendimento dos padrões de distribuição e evolução de espécies utilizando métodos clássicos de estudos morfológicos, bem como métodos modernos de biologia molecular para reconstrução das relações de parentesco e delimitação das espécies. Além disso, são também objetivos desta linha entender como as interações ecológicas estão organizadas na natureza e como elas moldam o funcionamento dos sistemas ecológicos em diferentes escalas espaciais e temporais ou o entendimento de como processos microevolutivos, como fluxo gênico e a evolução do isolamento reprodutivo, afetam padrões macroevolutivos exibidos nas árvores filogenéticas  dos organismos.